文章信息：
发表时间2024年10月3日
Q1/IF11.5

文章作者：
第一作者：何金花


核心速览

  本文介绍了一种名为CIEC（Cross-tissue Immune Cell Type Enrichment and Expression Map Visualization for Cancer）的网络应用，它集成了数据库和富集分析，用于估计跨组织的免疫细胞类型或状态，并提供了一个易于使用的在线界面，以帮助研究人员分析和理解肿瘤免疫系统。

研究背景

      单细胞转录组测序技术已被应用于解析免疫细胞的类型和功能状态，揭示它们在癌症免疫中的组织特异性基因表达模式和功能。然而，目前尚缺乏大规模的跨组织研究来调查癌症患者中免疫细胞的组织特异性特征。为了深入理解肿瘤免疫系统，需要对组织内外的免疫细胞特征进行全面评估。进行跨组织分析的一个基本挑战是综合免疫细胞类型注释，包括识别罕见的免疫细胞亚群和区分新类型与之前已注释的细胞群体。此外，需要一个全面的免疫细胞类型目录，以便深入剖析免疫细胞的异质性。

文章摘要

  单细胞转录组测序技术已被应用于解码免疫细胞的35种类型和功能状态，揭示其组织特异性基因36的表达模式和在癌症免疫中的功能。对组织内和跨组织的37个免疫细胞的全面评估将使我们对肿瘤免疫系统有更深入的了解。在这里，我们提出了跨组织免疫细胞类型39或状态富集癌症基因列表分析（CIEC），这是第一个基于web的40应用程序，它集成了数据库和富集分析来估计跨组织41免疫细胞类型或状态。CIEC 1.0版本由480份样本组成，包括来自43 323例癌症患者的原发性42例肿瘤、邻近正常组织、淋巴结、转移组织和外周血。通过整合分析，我们构建了每个环境的免疫细胞44型/状态图，并采用我们之前开发的京都45基因和基因组百科全书（KEGG）基于同源注释系统46（KOBAS）算法来估计上下文特异性免疫细胞47型/状态的富集情况。此外，CIEC还为用户提供了一个易于使用的在线界面，48个全面分析了多个49个组织的免疫细胞特征，包括表达图、相关性、相似基因检测、签名评分、50和表达比较。我们相信CIEC将是一个有价值的资源，51个探索癌症患者免疫细胞的内在特征，52个潜在的指导新型癌症免疫生物标志物的开发和免疫治疗策略53个。CIEC可以在http://ciec.gene.ac/上免费访问。

全文链接
      He J, Luo H, Wang W, Bu D, Zou Z, Wang H, Tang H, Han Z, Luo W, Shen J, Xie F, Zhao Y, Xiang Z. CIEC: Cross-tissue Immune Cell Type Enrichment and Expression Map Visualization for Cancer. Genomics Proteomics Bioinformatics. 2024 Oct 3:qzae067. doi: 10.1093/gpbjnl/qzae067. Epub ahead of print. PMID: 39363510.